La historia se centra en 7 niños de Japón que son transportados al Mundo digital después de encontrar unos Digivice y ser arrastrados por una gran ola llegando así a la Isla File -lit. Isla archivo. Allí encuentran a sus compañeros Digimon y con su ayuda aprenderán a sobrevivir pese a las adversidades de estar en un mundo desconocido. Conforme avanza la serie descubren que son los Niños elegidos. A mitad de la serie se integra el octavo niño elegido con su Digimon. Los 8 niños tendrán que luchar contra las fuerzas de la oscuridad que quieren apoderarse del Mundo digital y el Mundo real de Digimon