La historia se centra en 7 niños de Japon que son transportados al Mundo digital despues de encontrar unos Digivice y ser arrastrados por una gran ola llegando asi a la Isla File -lit. Isla archivo. Alli encuentran a sus compañeros Digimon y con su ayuda aprenderan a sobrevivir pese a las adversidades de estar en un mundo desconocido. Conforme avanza la serie descubren que son los Niños elegidos. A mitad de la serie se integra el octavo niño elegido con su Digimon. Los 8 niños tendran que luchar contra las fuerzas de la oscuridad que quieren apoderarse del Mundo digital y el Mundo real de Digimon